Административный центр – городской посёлок Северо-Енисейский.
Северо-Енисейский муниципальный округ расположен на правом берегу Енисея на Средне-Сибирском плоскогорье в центральной части Енисейского кряжа. Высшая точка — гора Енашимский Полкан (1125 м) в 70 км к югу от районного центра. Площадь территории — 47242 км². Протяжённость района с востока на запад — 230 км, с севера на юг — 320 км.
Удалённость от Красноярска — 660 км. Ближайший город Енисейск — 300 км. Район является труднодоступным для автомобильного транспорта из-за отсутствия дорог с твердым покрытием.
